میر‌حامد‌حسین، در روز پنجم محرم الحرام 1246ق، در شهر میرتهه هند، در بیت علم، تقوا و فضلت زاده شد. نسب وی با 27 واسطه، به امام کاظم موسی بن جعفر علیه السلام می‌رسید. به هنگام ولادت، نام او را مهدی، کنیه‌اش را ابوظفر و شهرتش را میر‌حامد‌حسین نهادند.  این، به خاطر آن بود که پدرش شبی، نیای خود را در خواب دید. وقتی بیدار شد، خبر خوش ولادت فرزندش را شنید و نام جدش را بر او نهاد.